SETA'da görev yaparken kovulduklarını öne sürülen çalışanlar sosyal medyadan ayrı ayrı mesajlar yayınladı. SETA koordinatörleri Enes Bayraklı, Hasan Basri Yalçın, Veysel Kurt ve Yusuf Özkır, Twitter hesaplarından istifalarına ilişkin yaptıkları açıklamalarda 'Cumhurbaşkanı Erdoğan'ı sıkça anarak istifa ettiklerini duyurdu. Oda TV'de yer alan habere göre, kovulan isimler arasında, SETA Medya ve Toplum Araştırmaları Koordinatörü olarak da görev yapan, AKP Genel Başkanı ve Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan'ın imzasıyla Basın İlan Kurumu Genel Kurulu'na atanan İsmail Çağlar'ın da olduğu belirtildi. 

Veysel Kurt: "Zorunlu ve kişisel bir açıklama: 7 yılı aşkın bir süredir -zor zamanlarda- çalıştığım SETA’dan ayrılma kararı aldım. Sn Cumhurbaşkanımızın öncülüğünde Türkiye’nin güçlü bir ülke olma yolunda bir akademisyen olarak bildiğimi söylemeye ve elimden geleni yapmaya devam edeceğim."

Yusuf Özkır: "SETA Vakfı'nda ve Kriter Dergisinde 6 yıldır devam eden görevim sona ermiş bulunuyor.
Bu süreçte çeşitli vesilelerle temasta olduğumuz Kriter okuyucularına, yazarlarına ve çalışma arkadaşlarıma teşekkür ediyorum. CB Erdoğan'ın Büyük Türkiye ideali çerçevesinde yola devam inşallah."

Hasan Basri Yalçın: "Yaklaşık beş yıldır görev yaptığım SETA’dan ayrıldım. Cumhurbaşkanımızın liderliğinde, elimden geldiğince ve dilim döndüğünce, Büyük Türkiye vizyonunu farklı mecralarda anlatmaya devam edeceğim."

SETA'da bir süredir Genel Koordinatör Burhanettin Duran ile uyumlu çalışamadıkları belirtilen bir ekibin tasfiye edileceği iddiaları öne sürülüyordu. 

SETA Vakfı'nın "Uluslararası Medya Kuruluşlarının Türkiye Uzantıları" isimli raporunda birçok uluslararası medya kuruluşunda çalışan Türk gazeteciler fişlendi.

İsmail Çağlar, Kevser Hülya Akdemir ve Seca Toker imzalı 196 sayfalık raporda, ‘inceleme’ altına alınan medya kuruluşları ve gazetecilerin, "Türkiye için kritik olaylardaki tavrının ölçülmeye çalışıldığı" iddia edilmişti.

Öte yandan 21 Mayıs 2021'de Vatan Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek, Cumhurbaşkanı Erdoğan'a SETA konusunda çağrıda bulunan Perinçek, "SETA'yı beslemek, İsrail'i ve ABD'yi beslemektir" demişti.

Perinçek'in açıklamalarından 10 gün öncesinde SETA direktörü Enes Bayraklı ile Perinçek, canlı yayında atışmışlardı.