En büyük genom çalışmalarından biri: Genetik testle hastalığın nasıl seyredeceği belirlenebilir
Koronavirüs Türkiye'ye özgü varyant var mı, ya da hastalığın şiddetini belirleyen unsurlar genetik özelliklerimizde saklı olabilir mi? Salgının başladığı günden beri bilim dünyasının en merak ettiği bu iki sorunun yanıtı, Sağlık Bilimleri Üniversitesi (SBÜ) Deneysel Tıp Uygulama ve Araştırma Merkezi'ndeki 20 kişilik ekibin yürüttüğü genom çalışmaları ile ortaya çıkacak. Şimdiye dek Türkiye'nin her bölgesinden 500 hastadan alınan örneklerin incelendiği çalışmada hedef, birkaç bunun iki katına ulaşmak. Araştırmada hem virüsün, hem de alınan örneklerden hastaların genom analizleri yapılıyor. SBÜ Biyoistatistik ve Biyoinformatik Araştırma ve Uygulama Merkezi Müdürü Dr. Faruk Berat Akçeşme, çalışmanın anlattı.
Salgının üzerinden 1,5 yıldan fazla bir sürenin geçtiği bugünlerde tüm dünyada, farklı dönemlerde koronavirüsün değişik varyantları baskın hale geldi. Son olarak, ilk kez Hindistan'da ortaya çıkan ve artık ABD'den İngiltere'ye, hatta Türkiye'ye dek pek çok ülkede baskın hale gelen Delta varyantı nedeniyle pek çok bilim otoritesi hem aşılama programları hem de PCR test kitlerinde dahi bazı değişikliklere gidilmesini önerdi.
Tüm bu süreçte vaka sayılarının zaman zaman yüksek seyrettiği Türkiye'de, ülkemize özgü bir varyant gelişti mi; bunun incelemesine dair Türkiye'nin en büyük genom araştırmalarından biri, geçtiğimiz Aralık ayından bu yana Sağlık Bilimleri Üniversitesi'ndeki (SBÜ) bilim insanları tarafından yürütülüyor.
Hastalığın şiddeti genetiğe göre değişiyor mu?
Birkaç ay sonra ilk sonuçların alınacağı tahmin edilen araştırmada, koronavirüse dair sadece Türkiye'ye özgü bir varyant analizi değil, hastalığın şiddetinin kişinin genetik özelliklerine göre değişip değişmediği de araştırılıyor. SBÜ Deneysel Tıp Uygulama ve Araştırma Merkezi'ndeki laboratuvarlarda 20 kişilik ekiple yürütülen çalışma için, üniversiteye afiliye pek çok eğitim ve araştırma hastanesinden hekimlerle de işbirliği yapılıyor. Çalışmanın detaylarını ilk kez Demirören Haber Ajansı'na anlatan SBÜ Hamidiye Tıp Fakültesi Biyoistatistik ve Tıbbi Bilişim Anabilim Dalı Başkanı ve Biyoistatistik ve Biyoinformatik Araştırma ve Uygulama Merkezi Müdürü Dr. Faruk Berat Akçeşme çalışmadan elde edilecek sonuçların, Kovid-19 hastalığının teşhisinden tedavisine pek çok ezberi değiştirebileceğine işaret etti.
'Türkiye'de hiç görülmemiş varyasyon var mı?'
Dr. Akçeşme, "Dünyanın her yerinde yapıldığı gibi ülkemizde de genom çalışmaları yapılıyor. Biz de bu genom çalışmalarından en büyüklerinden birini yapıyoruz. Genom çalışmalarında varyant tespitleri çok stratejik öneme sahip. Dünyanın her yerinde Kovid-19 için biyolojik veri bankaları var. Buralara dünyanın her yerinden yüklenen genom dataları var. Biz de ülkemizin farklı coğrafyalarından topladığımız numunelerden o numunelere ait genomları izole ederek bu genomlar üzerinde varyasyon analizleri yapıyoruz. Hedefimiz dünyadaki farklı varyasyonların ülkemizde görülüp görülmediğini tespit etmek, ayrıca Türkiye'de, dünyada şimdiye kadar hiç görülmemiş özgün bir varyasyon var mı, bunun cevabını bulmak. Bunda da aslında nihai amaç, numuneleri temin ettiğimiz hekimlerimize bir geri bildirimde bulunarak, hastaların hangi virüsle enfekte olduklarını ve hastalığa ait prognozun (gidişatın) varyantlarla ne şekilde ilişkisi olduğuna dair bir veri oluşturmak" dedi.
'Hedef 1000 örneğe ulaşmak'
Sağlık Bilimleri Üniversitesi olarak Türkiye'nin farklı bölgelerinde onlarca afiliye olmuş eğitim ve araştırma hastaneleri ile çalışma avantajları olduğuna da dikkat çeken Dr. Akçeşme, şu bilgileri verdi: "Bu eğitim araştırma hastanelerindeki bazı hekim arkadaşlarla ortak çalışma yürütüyoruz. Şimdiye dek Erzurum, Trabzon, Adana Konya, İzmir ve Sakarya'dan numuneler aldık. Şu anda numune sayımız 500'ü geçti. Bunların tamamının varyasyon analizleri yapılıyor. Hedefimiz 1000 örneğe ulaşmak, hatta bunu da geçmek."
'Genom analizleri çok kıymetli hale geldi'
Projenin ikinci ayağının çok daha önemli olduğuna dikkat çeken Dr. Akçeşme, bunu da şu şekilde açıkladı: "Acaba hastalığın şiddetini belirleyen bir genetik belirleyici var mı? Türkiye gibi genetik heterojenitesi (çeşitliliği) çok yüksek olan ülkelerde bu soru daha anlam kazanıyor aslında. Zira Kovid-19 hastalığının şiddetini etkileyen böyle bir genetik belirleyiciler varsa, bunu tespit etmemiz çok stratejik önem ifade ediyor. Aşılara yanıtımız, hastalığın şiddetinin nasıl olacağı, hastanın tedaviye vereceği yanıt, bunları bizim bazı genetik faktörlerimiz etkileyebiliyor. İşte biz bu minvalde Türkiye'nin yine farklı coğrafyalarından 5 farklı hasta kategorisine ait numune temin ettik. Bunlar, yoğun bakımda yatan hastalar, yoğun bakımda kaybedilen hastalar, hastane ihtiyacı olmuş ama yoğun bakıma girmemiş hastalar ya da Covid'e hiç yakalanmamış, birinci derece akrabalarında da hiç Covid görülmemiş kişilerin numunelerini farklı kategorilerde topladık. Bunların da genom analizlerini yaparak, biyoinformatik analizlerle acaba onların genomlarında bu hastalığın şiddetini farklılaştıran bir genetik belirleyici var mı, onu inceliyoruz. Hastanın Kovid'i hangi şiddette, ne şekilde geçireceği bir hekim tarafından genetik bir testle anlaşılabilirse, daha hasta hastaneye intikal eder etmez onun kişiselleştirilmiş bir tedavi yöntemi ile tedavi edilmesi sağlanabilir. Zaten bilim dünyasının aslında bu alanda yeni yaklaşımı bu. Dolayısıyla genom analizleri çok kıymetli hale geldi"
'Virüsün yeni özellikleri PCR testinin güvenilirliğini değiştiriyor'
Sağlık Bilimleri Üniversitesi bünyesinde 20 kişilik bir ekiple geçtiğimiz Aralık ayından bu yana bu proje üzerinde çalışmalar yürüten Dr. Akçeşme, çalışma sonuçlarının PCR test kitlerinin güncellenmesi açısından da önem arz ettiğini söyleyerek sözlerini şöyle noktaladı: "Eylül-Ekim ayı itibariyle insan genomu okumayı tamamlayacağız. Daha sonra biyoinformatik analizler aşaması var. Bu da eş zamanlı olarak yapılıyor. Kısmet olursa bir genetik belirleyici tespit edebilirsek bunu 2-3 ay içinde çok önemli bir yayına dönüştürmeyi planlıyoruz. Yeni oluşan varyasyonlarla, virüsün yeni kazandığı özelliklerle PCR testinin güvenirliği de değişebiliyor. Zira PCR, teknik olarak zaten genomun belli bir bölgesini hedefleyen bir tekniktir. Ama biz burada genom analizi yapıyoruz. Yani PCR'daki gibi 'var veya yok' şeklinde değil, 'ne varsa göster' şeklinde çalışıyoruz. Dolayısıyla varyasyon/ genom çalışmaları biraz da bunun için önemli. Yaptığınız genom çalışmalarında eğer PCR'ın çalıştığı bölgelerde bir mutasyon görürsek, evet bu PCR testleri güvenilirliğini yitiriyor diyebiliyoruz. Dolayısıyla genom çalışmaları PCR temelli tanı kitleri için de çok kıymetli çalışmalar"
Dünya genelinde 4 milyar 400 milyon kişiye Covid-19 aşısı yapıldı
Koronavirüs salgını nihayet bitiyor mu?
