Anlaşıldığı üzere sindirim sisteminin çalışmasında zorluk yaşamayanlar kefiri iyi tolere ediyor ama onlar bile günlük fermente sütlü içecek tüketiminin zararlı olabileceğini bilmeli.
Doktorlar, kefirin sık kullanımının vücutta aşırı yağlanmaya neden olabileceğini iddia ediyor. Çünkü bu ürün, kalp ve damar hastalıklarından muzdarip tüketiciler için her zaman yararlı ancak uzmanlar, kefir kullanımının kandidadan muzdarip kişilerde sınırlandırılmasını tavsiye ediyor, aynısı laktoz intoleransı olanlar için de geçerli.