1988’de profesör olan Kışlalı, 1991’de Cumhuriyet gazetesinde köşe yazarlığına başladı. Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği, Atatürkçü Düşünce Derneği gibi derneklerin Anadolu’daki toplantılarına konuşmacı olarak katılan Kışlalı, 1993’te Fransız Ulusal Liyakat Nişanı’na layık görüldü.
Kışlalı, 9 Eylül 1995’te geçirdikleri trafik kazasında eşi Nilgün Kışlalı’yı kaybetti, kendisi ise ağır yaralandı.
Nilüfer Kışlalı ile 1997’de ikinci evliliğini yapan Kışlalı’nın bu evlilikten de kızı Nilhan Nur dünyaya geldi.
Ahmet Taner Kışlalı, 21 Ekim 1999’da otomobiline yerleştirilen bombanın patlaması sonucu hayatını kaybettiğinde 60 yaşındaydı. Türkiye’yi yasa boğan saldırının ardından Ankara’daki cenaze töreninde Kışlalı’yı son yolculuğuna binlerce kişi uğurladı.
Vefatına kadar Cumhuriyet gazetesindeki yazılarını yazmayı ve Ankara Üniversitesi İletişim Fakültesinde ders vermeyi sürdüren Kışlalı, ölümünden sonra 1999 Sertel Demokrasi Ödülü’ne layık görüldü.