Cemil Kılıç’a Milli Eğitim Bakanlığı tarafından soruşturma açıldı. Kadın karşıtı açıklamalarıyla bilinen İmam Halil Konakcı’nın ve tarikatlarının hedef göstermesinin bu kararda etkili olduğu belirtilirken, İstanbul İl Milli Eğitim Müdürlüğü'ne çağrılan Kılıç’a bakanlığa bağlı iki müfettiş tarafından ilginç sorular soruldu.
Konuya ilişkin Cumhuriyet'e değerlendirmelerde bulunan Kılıç şunları söyledi:
“Milli Eğitim Bakanlığı, başını Halil Konakcı’nın çektiği cemaat ve tarikatların hedef göstermesi ve yönlendirmesi ile soruşturma açtı. Aslında benden değil, laik Cumhuriyeti, Atatürk ilke ve devrimlerini savunmamdan rahatsızlar. Gerçek gerekçe budur. Milli Eğitim Bakanlığı'ndan gelen iki müfettiş tarafından İstanbul İl Eğitim Müdürlüğü'nde adeta sorguya çekildim. Yaklaşık 40 soru soruldu. “Kılıçdaroğlu ile neden görüştünüz?”, “Neden Kemal Kılıçdaroğlu’nu Twitter hesabınızdan rt ettiniz”, “Neden Eğitim-İş Başkanını Twitter hesabınızdan rt ettiniz?”, “Diyanet Başkanlığı'nı itibarsızlaştırmak mı istiyorsunuz?”, “Cumhurbaşkanını itibarsızlaştırmak mı istiyorsunuz?” gibi sorular sordular.”
İlahiyatçı Kılıç yetkililerin kendisine İslamiyet tarihi ve İslami düşüncelere yönelik fikirleriyle ilgili de sorular sorulduğunu belirtti.
Kılıç şunları söyledi:
"Bana ‘Neden Kuran’ın Allah kitabı olduğunu söylüyorsunuz da Kuran Allah kelamı değildir diyorsunuz’ sorusu yöneltildi. Cehaletlerinden farkında değiller, bu tartışma İslam medeniyetinde yüzlerce yıl öncesinin tartışmasıdır. Benim söylediğim, ‘Kuran, Allah’ın sözü değildir, Allah’ın vahyidir, mahlukudur’ düşüncesidir. Ve bu düşünce uzun yıllar Abbasi Devleti’nin resmi görüşü olmuştur. İslamı ve Kuran'ı onların yorumladığı gibi değil de Muhammedi bir içerikte ve gerçek boyutuyla yorumlayıp sahip çıktığım için bana saldırıyorlar. Gerçekte Müslüman kimliğini taşımayı hak eden benim, onlar değil. Beni sorgulayan müfettişlere ‘Laik Türkiye Cumhuriyeti’nin memurları olarak siz bana nasıl inançlarımla ilgili soru sorabilirsiniz’ dedim, ancak bana yanıt veremediler. Bu soruşturmalar üzerinden baskı yaratmak isteyenler bilsin ki her durumda laik cumhuriyeti savunmaya devam edeceğiz."