Yargıtay'ın bozma kararının ardından görülen 235 sanıklı Ergenekon davasında karar açıklandı. "Ergenekon örgütünü kurma", "yönetme" suçundan tüm sanıklar beraat etti. Sanıklardan Alparslan Arslan'a ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası verildi. Sanıklar Osman Yıldırım, Erhan Timuroğlu ve İsmail Sağır'a ise müebbet hapis cezası verildi.
Yıllar sonra gelen karara CHP'li milletvekillerinden tepki geldi. CHP Grup Başkanvekili Özgür Özel, Twitter hesabından yaptığı açıklamada "Ergenekon'un bu ülkenin aydınlarına yönelik bir kumpas olduğunu ilk günden söyledik. Yaptığımız uyarılara sessiz kalanlar, o gün "davanın savcısıyım", "ülke bağırsaklarını temizliyor" diyenler, hayatların kararmasından, masumların haksızca yaftalanmasından 1. derece sorumludur." ifadelerini kullandı. CHP İstanbul Milletvekili Gürsel Tekin ise Twitter'dan "Türlü yalanlarla, iftiralarla yola çıktılar. Varolmayan bir örgüte üye olmakla insanları suçladılar. Türkiye'nin yetişmiş aydın, düşünür, bilim insanı, subay ve yazarlarının özgürlüğünü ve ömrünü çaldılar. Bu ülkeye karşı suç işlediler. Tarihe böyle geçecekler" diye yazdı.