20 Ocak 2010 tarihinde Taraf Gazetesi "darbe planı" olduğu iddia edilen Balyoz'u "Türkiye'yi Balyozla Ezeceklerdi", "Camileri bombalayacaklardı" şeklinde haberlerle duyurdu. 30 Ocak 2010'da Taraf Gazetesi muhabiri Mehmet Baransu bir bavul dolusu belgeyi İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na teslim etti.
Bu gelişmelerin ardından İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı soruşturma açtı. Balyoz adı verilen davaya 19 Haziran 2010'da İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'nde başlandı. Mahkeme, 21 Eylül 2012'de Çetin Doğan, Özden Örnek ve İbrahim Fırtına'nın da aralarında bulunduğu 365 sanıktan 325'ini "Türkiye Cumhuriyeti icra vekilleri heyetini, cebren ıskat veya vazife görmekten cebren men etmek" suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapse mahkum etti.
BALYOZ KUMPASI DOSYASI
Ancak "eksik teşebbüs" nedeniyle çeşitli cezai indirimlere gidildi. 19 Haziran 2014'te İstanbul Anadolu 4'üncü Ağır Ceza Mahkemesi oybirliğiyle 234 komutanın tahliyesine karar verdi. Yeniden yargılama kararı da veren mahkeme, savcılıktaki tüm yakalama kararlarının da kaldırılmasına hükmetti.
Balyoz davasının FETÖ'nün kumpaslarından biri olduğunun ortaya çıkmasının ardından İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı "Balyoz kumpası" soruşturması başlattı. Bu soruşturma kapsamında yapılan operasyonlarda Balyoz kumpası dosyasının hazırlanmasında görev alan dönemin İstanbul Emniyeti Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü'nde görevli 5 eski polis hakkında yakalama kararı çıkartıldı. Bu 5 polisten, Necat Aksu İstanbul'da, Mehmet Kılıç Yozgat'ta, Hüseyin Yalçın Adana'da, Mehmet Özdemir Gaziantep'te yakalandı. Soruşturma kapsamında 1 eski polisin ise halen arandığı kaydedildi.