Resmi Gazete'de yer alan Anayasa Mahkemesi Genel Kurul Kararı'na göre, Vakıflı Köyü Vakfı 27, Yedikule Surp Pırgiç Vakfı ise 5 taşınmaz mal varlığının Hazine adına kaydedilmesine karşı, 2008 yılında çıkarılan 5737 sayılı Vakıflar Kanunu'nun geçici 7. maddesine dayanarak mahkemeye başvurdu. Ancak iki vakfın da mallarının iadesi talebi reddedildi. Vakıflar hukuk yollarını tükettikten sonra dosyayı Anayasa Mahkemesi'ne taşıdı.
Gazete Duvar'ın haberine göre dosyayı inceleyen Yüksek Mahkeme, Anayasa'nın 'Mülkiyet Hakkı' kenar başlıklı 35. maddesine atıf yaparak oybirliğiyle "hak ihlali" kararı verdi. AYM, mülkiyet hakkı ihlalinin sonuçlarının kaldırılması için yeniden yargılama yapılmak üzere Samandağ Vakıflı Köyü Ermeni Ortodoks Kilisesi Vakfı'nın başvurusu sonucu alınan kararın Danıştay 10. Dairesi ile Hatay 1.İdare Mahkemesi'ne, Yedikule Surp Pırgiç Ermeni Hastanesi Vakıfı'nın başvurusu sonucu alınan kararın ise İstanbul 15. Asliye Hukuk Mahkemesi'ne gönderilmesine hükmetti.